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Anno 1999. La Terra cade nelle mani dell'organizzazione segreta Cronos, tanto potente che nessun esercito riesce a contrastarla. L'unico in grado di ribellarsi alla sua dittatura è Guyver, il nostro protagonista. Sho Fukamachi, studente delle superiori, ritrova per caso un misterioso guyver-36 oggetto alieno denominato Unità G. La cosa, nelle mire di Cronos, si rivela una bioarmatura utilizzata da antichi visitatori alieni precipitati sulla Terra durante uno dei loro viaggi cosmici. Un ignoto composto organico fuoriesce dall'oggetto rivestendo il corpo di Sho come una corazza vivente e conferendogli poteri inauditi. Mentre una di queste armature viene distrutta, la terza finisce nelle mani dell'ambizioso Agito Makishima, amico/rivale di Sho. Da questo momento inizia la battaglia contro Cronos dei due Guyver, G1 forte e leale, impersonato da Sho, e G3 più smaliziato e spietato, incarnato da Makishima.